On y descend de nos jours par un escalier étroit creusé au centre de la nef, protégé par de lourds vantaux en bois.Sur le premier palier, on peut frapper du pied le sol, pour entendre un écho caverneux qui révèle la présence de salles souterraines encore inexplorées. Salles du château ou sépultures ? Des fouilles seulement permettraient de le préciser.

Au bas de l’escalier, on arrive dans un long transept en plan incliné, voûté en berceau, qui s’étend sous toute sa longueur.

La partie sud du couloir était ouverte sur vraisemblablement le jardn du prieuré. Quelques pierres abimées nous montrent que plusieurs cours d’eau souterrains traversent l’endroit.

Au milieu du couloir s’ouvre l’unique abside basse, alignée vers l’est, qui supporte l’abside centrale de l’église supérieure.

La voûte en cul-de-four de l’abside repose sur une arcature formée de cinq arcs s’appuyant sur de courtes colonnettes à chapiteaux trapézoïdes décorés.

Au centre, les pierres qui occupent l’abside ne peuvent pas être un sarcophage, comme on l’a prétendu longtemps, car leur longueur, de 1 m 50, est trop réduite, Il semble que ce sont plutôt les éléments d’un autel. Il y a une cuve baptismale monolithe en grès du XIe siècle.

Plus curieuse est la vasque placée sur un tronçon de colonne. On remarque sur cette vasque deux têtes grossièrement sculptées et une tête de bélier. La ressemblance avec les « têtes coupées », gravées ou sculptées, d’ Entremont près d’Aix, est frappante. Ce seraient les vestiges d’une civilisation gauloise antérieure à l’invasion romaine du 2 eme siècle avant Jésus-Christ. Il est bien avéré que les Salyens avaient des comptoirs dans la vallée du Rhône. Mais les yeux clos et la bouche fermée de ces sujets ne nous ont pas encore livré leur secret.

Les chapiteaux sculptés ont un décor très simple mais très explicite.

Trois cours d’eau souterrains sont indiqués par des pierres gravées de chevrons, comme des hiéroglyphes représentant l’eau.

Cette crypte de correction fut construite à l’époque carolingienne . En Vivarais, Cruas et Vion sont les deux seules églises médiévales qui possèdent une crypte, datant du XIe siècle Vion reste la plus ancienne des deux, ce qui fait d’elle l’un des plus vieux monuments religieux d’Ardèche.